Le CFA Sup-FC comptera dès septembre 2009, cinq formations supplémentaires, après la décision de la Région de Franche-Comté d'autoriser l'ouverture à  l'apprentissage de :

- la Licence Professionnelle Gestion de la Production industrielle,  spécialité Maintenance industrielle Plasturgie - IUT Besancon-  Vesoul - Site de Vesoul.

- la Licence Professionnelle Automatique et informatique  industrielle spécialité Automatique et Robotique industrielles pour  l'assemblage (ARIA) - UFR Sciences et Techniques - Besançon.

- la Licence Professionnelle Réseaux et Télécommunications,  spécialité Chargé d'affaires en réseaux et télécommunications - IUT  Belfort Montbéliard - Site de Montbéliard.

- la Licence Professionnelle Commerce spécialité Technologies de  l'Information et de la Communication (TIC) appliquées au marketing  et au commerce - IUT Belfort Montbéliard - Site de Belfort.

- le Diplôme Supérieur de Comptabilité et de Gestion - IUT Besancon - Vesoul et IAE Besançon.